В конце 18 века в с.Алейниково при церкви была организована церковно-приходская школа, в которой обучение продолжалось 1 год. Лица, окончившие эту школу, освобождались от воинской повинности. В начале 19 века была построена Алейниковская начальная школа, здание которой сохранилось до нашего времени, хотя и находится в полуразрушенном состоянии.

В 30 годы, после коллективизации, церковь была перестроена в среднюю школу, но функционировать ей не пришлось. В 1943 году, при отступлении немцев, школа была сожжена. По-прежнему продолжала работать начальная школа. Дальнейшее обучение учащихся осуществлялось в Стративской 7-летней (8-летней) школе, Воронокской средней школе.

В 1974 году было введено в эксплуатацию новое типовое здание Алейниковской средней школы на 250 посадочных мест. Школа была расположена в центре села Алейниково. Посещают её дети из 4-х сёл: Алейниково, Стратива, Крутая Буда, Ломаковка.

23 сентября 2010 года средняя школа была реорганизована в основную в связи с уменьшением числа учащихся.